本店と出先機関（支店、営業所）がある場合の許可申請の方法は、３通りあります。
1、本店のみでの許可申請
これが一番多いパターンです。
本店に経営業務管理責任者と専任技術者を置き、本店（主たる営業所として）で許可申請をいたします。
この場合は、出先機関（支店、営業所）では工事発注者との請負契約などを出先機関名義では出来なく、本店が契約当事者となります。
実際の工事に関しては、出先機関（支店、営業所）が行うことは問題ありません。
実際に工事をするということは、主任技術者、監理技術者の配置は必要になりますので、主任技術者、監理技術者になれる方がいなければいけませんので、この点に注意が必要です。
2、本店で許可申請、出先機関を営業所登録
このパターンは、2つ以上の都道府県にまたがり、本店と出先機関があり、国土交通省の建設業許可申請が多いです。
本店を主たる営業所として、出先機関を従たる営業所とします。
本店は上記1の要件と同じとなりますが、出先機関に工事発注者との請負契約などをする権限者（支店長など）を置き、専任技術者も置かないといけません。
従いまして、業種を増やす場合は、本店及び出先機関に追加したい業種に係る専任技術者、経営業務管理責任者の要件など注意が必要です。
3、出先機関（支店、営業所）のみの許可申請
これは、本店では建設業を営んでいない場合や自宅を本店登記にしていて、実際の事務所は別に所有もしくは賃貸借している場合というパターンに当てはまります。
出先機関（支店、営業所）または実際の事務所に経営業務管理責任者と専任技術者を置き、出先機関（支店、営業所）が許可申請をいたします。
この場合、多くの方が勘違いをしているので、注意として書きます。
出先機関（支店、営業所）のみで建設業許可を取得した場合、本店（本社）や他の出先機関では、軽微な工事も含め一切の建設業の工事が出来なくなります。
（自宅を本店登記にしている場合は、営業上、ご自宅の住所は使用していないことが多いので、深く考える必要はありません。）
このことを考え、どのように許可を取得するかを専門家にご相談されることをおすすいたします。
